Az immuntolerancia sérülésekor a szervezet a sajátot idegenként ismeri fel és támadó jellegű immunreakciót indít, mely autoimmun betegség kialakulásához vezet. Az endokrin rendszert érintően az immunológiai reakcióban cél-antigén lehet az endokrin mirigy szöveti antigénje/epitópja, a hormonreceptor, a keringő hormon maga, s többnyire a képződő autoantitestek váltják ki a betegséget. Bizonyítottan kimutathatók ellenanyagok 1-es típusú diabetes mellitus (T1DM), inzulin autoimmun szindróma (IAS), autoimmun pajzsmirigybetegségek (Grave's-Basedow kór, Hashimoto thyreoiditis), autoimmun Addison kór, idiopathiás (primer) hypoparathyreosis, korai petefészek elégtelenség (POF), azoospermia és autoimmun hypophysitis esetében, ezen betegségekben a háttérben álló perifériás tolerancia károsodása kézenfekvő. A kórképek destruktív megjelenéséig négy állomás különíthető el, ezért lehetséges, hogy antitestek jelenléte ellenére is lehet valaki tünetmentes.  Kulcsszavak: autoimmunitás, immuntolerancia, autoantitestek, T-sejtes immunválasz