A humán gastrointestinalis traktus mikrobiomának taxonómiai és funkcionális vizsgálata az elmúlt két évtizedben aktív kutatások tárgyát képezi. Számos gasztroenterológiai (GI) megbetegedéssel kapcsolatba hozták már, mind következményes, mind pedig ok-okozati viszonylatban. Az újgenerációs szekvenálási technológiák megjelenésével lehetőség nyílt olyan taxonok vizsgálatára is, melyek a korábbi, baktériumtenyésztés-függő módszerek segítségével nem voltak analizálhatóak. Ezen módszerek a bakteriális társulásokon kívül a viriom és a fungális mikrobiom vizsgálatát is lehetővé teszik.