Az ember gyomor-bél rendszerében többfajta mikroorganizmus található. A gyomorban viszonylag kevés, majd a bélcsatornában lefelé haladva egyre nagyobb mennyiségben fordulnak elő baktériumok, a vastagbélben kb. 400-500-fajta él. Egyes számítások szerint a baktériumok száma egy gramm béltartalomban eléri az egybilliót (1014), a mikrobák össztömege felnőtteknél nagyjából 1,0-1,5 kg, ezt összefoglalóan mikroflóraként ismerjük.