A gombák a szervezetünk jelentős kommenzalista-szimbionta közösségének részét képezik, bár nem érik el a baktériumok 1,5 kg tömegű, 1016 számát a humán sejtek 1014 értékéhez képest. Sajnos - különféle hajlamosító tényezők hatására - patogénekké válnak. A bőr normál flóra tagjai közé tartoznak a különféle sarjadzó gombák, a Candida albicans, a Malassezia, Rhodotorula rubra, a Trichosporon cutaneum, a dermatophytonok, mint a Microsporum gypseum, Trichophyton rubrum, egyedek, mint a Rhizopus stolonifer, Trichosporon cutaneum, Fusarium, Scopulariopsis brevicaulis, Curvularia, Alternaria alternata, Aspergillus flavus, Penicillium fajok. Külön jelentőséggel bír a köldök flórája, az elzártsága miatt. Nagy jelentőségű a gasztrointesztinális rendszerben (Candida, Saccharomyces, Aspergillus, Penicillium) és a genitourinális szervek (Candida albicans), nyálkahártyáin lévő gombák, mikrobák immunrendszert stimuláló, fermentáló hatása. A human microbiom egysége és harmóniája azonban megbomolhat, ekkor a korábbi szövetségeseink ellenünk fordulhatnak. Ennek trigger faktorai lehetnek exogén és endogén okok.