Gyermekreumatológiai kórképekben az alapbetegség és a kezelés immunmoduláns hatása miatt fokozott a fertőzések fellépésének kockázata, ezért a gondozás során a megfelelő vakcinációról gondoskodni kell. Az elmúlt években ismertté vált adatok alapján ezekben a betegekben az inaktivált védőoltások megfelelő hatékonyságúak és biztonságosan adhatók. Nagy dózisú immunszuppresszió, illetve biológiai terápia alatt alacsonyabb ellenanyagszintek érhetők el, melyek fennmaradása is rövidebb idejű, ezért javasolt az ellenanyagszintek rendszeres ellenőrzése, és szükség esetén emlékeztető oltások alkalmazása. Az élő, attenuált oltások alkalmazása egyedi megfontolást igényel, nagy dózisú immunszuppresszió, illetve biológiai terápia alatt nem javasoltak. A gyermekreumatológiai kórképekben kiemelten fontos a varicella, a pneumococcus, meningococcus és a szezonális influenza elleni immunizáció.