A szájnyálkahártya érintettsége számos immunológiai kórképben kimutatható. Sok esetben a szájtünetet megelőzik, és felhívják a figyelmet valamilyen mukokután vagy szisztémás autoimmun kórképre, ezért ismerete az általános orvosi gyakorlatban is elengedhetetlen. A leggyakoribb vesiculobullosus autoimmun betegségek gyakran érintik a szájnyálkahártyát és/vagy a bőrt. Ezek közül a leggyakoribb a lichen planus, erythema exsudatum multiforme, pemphigoid, pemphigus és néhány ritkán előforduló kórkép (Behcet-kór, Reiter szindróma, Wegener granulomatosis). A szájnyálkahártya léziók lehetnek erythemas foltok, ulceratív, hyperkeratotikus foltok, ritkábban vesiculák, bullák. A szisztémás autoimmun betegségekben is gyakran észlelhetünk hasonló nyálkahártya elváltozásokat, melyek differenciál-diagnosztikus problémákat jelenthetnek, figyelembe véve a szisztémásan alkalmazott gyógyszerek mellékhatásait is. Alapvető az egyes subdiszciplinák (belgyógyász, immunológus, fogorvos, bőrgyógyász, szemész) jól egybe hangolt tevékenysége.