Az immunológiai és gyulladásos folyamatok egyre részletesebb megismerése lehetővé tette a gyomor-bélrendszer immunológiai betegségeinek pontosabb leírását. Az autoimmun folyamatok egyrészt primeren a gyomor bélrendszert károsítják, és egyéb szervek, szervrendszerek megbetegedése másodlagos. Ebbe a csoportba tartozik az anaemia perniciosa, a coeliakia, az autoimmun enteropathia és a colitis ulcerosa. Nagyobb csoportot alkotnak a szisztémás autoimmun betegségek, amelyek során a gastrointestinum érintettsége a sokszervi gyulladásos megbetegedés részjelensége. Ezek az elváltozások nagyon szerteágazók. Neuropathia, a neurotransmissiot gátló antitestek, vasculopathia vagy vasculitis okozta perfúziós zavarok, lokális gyulladás, kötőszövet képződés vezet változatos funkcionális és morfológiai eltérésekhez. A klinikai megjelenési formák is széles spektrumot ölelnek át, enyhe funkcionális következménytől - mint oesophagus reflux betegség -, egészen az életet veszélyeztető állapotokig - mint gastrointestinalis perforáció acut hassal - terjednek.