Az antibiotikumok és a gyulladásos bélbetegségek (IBD) kapcsolata két szempont mentén is vizsgálható: van-e szerepe az antibiotikumoknak az IBD kezelésében; az antibiotikumok okozta diszbiózis befolyásolhatja-e az IBD kialakulását? IBD-ben a tromboembóliás veszélyeztetettség fokozott. A kockázat felmérése kötelező, ennek függvényében mérlegelendő a profilaxis. A megfelelő antikoaguláns kezelés az alapbetegség gyógyulását is elősegítheti. Jelenlegi ismereteink alapján az anti-TNF-kezelés nem fokozza a kongenitális malformációk gyakoriságát, nem fokozza a csecsemők fertőzéses kockázatát. IBD-ben a kolonoszkópia alapvető a diagnózis, a kiterjedés és a súlyosság megítélésében és a követés során.