Számos mechanizmus felelős a túlzott mértékű bakteriális kolonizáció megakadályozásáért. E védőmechanizmusokat károsító állapotok, betegségek, külső tényezők elősegítik a vékonybél baktérium-túlnövekedésének kialakulását. A bakteriális túlnövekedés a vékonybélben megnövekedett számú és/vagy megváltozott összetételű baktériumflóra jelenlétével határozható meg. Általában a vastagbél baktériumflórájának vékonybélbe terjedéséről van szó, de a normális vékonybélflóra számának növekedése is előfordulhat. A vékonybél baktérium-túlnövekedése aluldiagnosztizált kórkép, a betegek jelentős része nem fordul orvoshoz, sokszor a tüneteket a baktérium-túlnövekedést előidéző eltérésekkel magyarázzák. Jellemző klinikai tünetek a puffadás, fokozott gázképződés, flatulencia, hasi diszkomfort. Súlyosabb esetekben hasmenés, testsúlycsökkenés, esetleg zsírszéklet, jelentős felszívódási zavar, mikronutriens-hiány is kialakulhat. A kórkép igazolására legelterjedtebben a H2-kilégzési tesztek használatosak a módszer korlátai ellenére. Hét-tíz napos antibiotikus terápiával és diéta tartásával sikeresen kezelhető a vékonybél bakteriális kontaminációja, a magas kiújulási arány miatt havonta ismétlődő kezelésre is szükség lehet. A kezeléssel párhuzamosan keresni kell a kiváltó, illetve hajlamosító tényezőket, mert ezek eliminálása is fontos a relapszus megelőzéséhez.