A Clostridium difficile fertőzések számának szaporodása súlyos terhet jelent a kórházaknak. A hagyományos antibakteriális kezelés mellett az esetek 20-30%ában a tünetek kiújulásával, relapszussal kell számolni. A fidaxomicin alkalmazásával csökkenteni lehetne a relapszusok számát, de a kezelés költségessége miatt csak kevesen részesülhetnek ebben a kezelésben. A széklet transzplantáció hatásossága bizonyított, de egyelőre csak néhány centrumban vállalkoznak erre az eljárásra.