A kórokozók közvetlen kimutatásán alapuló mikrobiológiai diagnosztika idő- és munkaigényes folyamat. Nem csoda tehát, hogy megnőtt az igény a konvencionális módszereknél gyorsabb, nagy érzékenységű diagnosztikai eljárások kifejlesztése és bevezetése iránt, mint amilyenek a nukleinsav-kimutatáson alapuló módszerek. A molekuláris biológiai módszerek felgyorsítják a diagnosztikát, javítják a specificitást és lehetőséget nyújtanak a nehezen tenyészthető patogének azonosítására is. Az eredmények értékelésekor azonban figyelembe kell venni, hogy a kórokozó-specifikus nukleinsav kimutatása nem egyenértékű a szaporodni képes kórokozók jelenlétével! Az áramlási citometria legnagyobb előnye, a nukleinsav-detektáláson alapuló technikákkal szemben, a mikroorganizmusok egyedi, sejtszintű kimutatása. Gyorsasága révén kiemelt jelentőségre tehet szert a lassan növő mikrobák, a Mycobacterium törzsek és a gombák kimutatásában. Mivel a megfelelő minta-előkészítés megválasztásával alkalmas a patogének pontos azonosítására, így különösen jól hasznosítható a kevert populációk okozta fertőzések diagnosztikájában. Nem utolsósorban lehetővé teszi a fertőzött szervezet immunrendszerének monitorozását és az antimikrobiális kezelés nyomon követését is.