Az egészségügy átalakításával kapcsolatban kiadott kormányrendelet alapján 2007. július 1-én négy intézmény összevonásával létrejött az Állami Egészségügyi Központ (ÁEK). Az összevonás érintette a korábbi Honvédkórházat is, amelynek legfőbb feladata a katonai-egészségügyi biztosítás és támogatás volt. Habár az intézmény megalakításától fogva a HM fennhatósága alatt állt, a súlypont eltolódott a polgári egészségügy irányába. Ma az intézet hadrendi elemként, de megnövelt feladatkörrel a Magyar Hadsereg Honvédkórháza, amely a szigorúan vett katonaegészségügyi feladatokon túlmenően, az arra jogosultak részére polgári egészségügyi ellátást is nyújt. Hatáskörét tekintve a Közép-Európa legnagyobb és legjobban felszerelt intézményévé vált kórház a közeljövőben az országos szintű egészségügyi ellátó rendszer része lesz, amely a progresszivitás legmagasabb ellátási szintjét biztosítja.