Az esetek döntő többségében a Flavivírus nemzetségbe tartozó kórokozó a fertőzött kullancs csípésével kerül be az emberi szervezetbe. Jóval ritkábban, de időnként előfordulhat alimentáris fertőzés, amelynek a kialakulásában a pasztörizálás nélkül fogyasztott fertőzött tejnek vagy tejterméknek van szerepe. A kullancs encephalitis súlyos, s bár jelenleg a letalitási adatok hazánkban alacsonyak, az életet is fenyegető fertőző betegség. Ugyanakkor számos megbetegedést követően átmeneti vagy tartós idegrendszeri maradványtünetek figyelhetők meg.