A sportoló és a sportorvos kapcsolatát számos külső tényező befolyásolja. A klinikai orvoslásban az orvos döntéseit csak az általa kezelt beteg érdeke határozza meg. A sportorvos keretorvos, vagy egyesületi orvos, sportorvosi hálózat orvosa - döntését egyéb érdekek befolyásolhatják, különösen akkor, ha függő helyzetben van. Az érdekek ütközése különféle lehet: más lehet az érdeke a sportoló edzőjének, egyesületi, vagy szövetségi vezetőjének, állami sportszervezet, vagy nemzeti olimpiai bizottság képviselőjének, mint a sportolónak. Konfliktust jelenthet, ha a sportoló eredményességének érdekében olyan eszközöket, módszereket kívánnak alkalmazni, ami egészségét veszélyezteti. További konfliktusa forrása gyakran az, ha sérülést, betegséget követően a sportoló edzése, vagyversenyeztetése nem egészségi állapotának megfelelően történik. Vitára adhat okot, ha valamilyen kóros állapot miatt annak eldöntése szükséges sportolhat-e egyáltalán a sportoló. Kényes kérdés az orvosi titoktartás, különösen akkor, ha elit sportolóról van szó. A sportoló és orvosa bizalmi viszonya megköveteli, hogy az orvos a sportoló állapotáról szóló információkat mind a média, mind a szakvezetés felé körültekintően kezelje. A sportorvoslás terén jelentkező etikai problémák jelentőségét mutatja, hogy számos nemzeti és nemzetközi testület dolgozott ki sportorvosi etikai kódexet. Az ezekkel foglalkozó közlemények hangsúlyozták, hogy figyelembe kell venni a sport sajátosságait, valamint nemzeti, kulturális, gazdasági különbségeket. A sportorvosi etika kódexét leginkább sportorvos társaságok dolgozták ki, ez a Magyar Sportorvos Társaság számára is kihívást jelent.