A hatóanyag-alapú gyógyszerrendelés több gyógyszercsoport esetében sem működik, ráadásul a készítményeket felíró orvosok, valamint az expediálást végző gyógyszertári szakemberek munkáját is túlbonyolíthatja. A termékpaletta szűkülése hátrányosan hathat a beteg-együttműködésre, illetve az árverseny intenzitását is mérsékelheti. Láncok esetében előtérbe kerülhetnek a saját márkás termékek, a helyettesítésnek pedig nemkívánatos klinikai következményei lehetnek.