Klinikai vizsgálatok igazolták, hogy az egyes atípusos szerek eltérő mértékben befolyásolják az anyagcsere-folyamatokat. Az atípusos antipszichotikumok metabolikus hatásai a testsúlynövekedésben, a cukorháztartás zavaraiban és diszlipidémiában jelentkeznek. Tény, hogy az elhízás a test lipid tárolásának egy módja a zsírszövetekben, annak érdekében, hogy megvédjenek más szerveket a lipidek toxikus hatásaitól. Az inzulinrezisztencia nem oka a metabolikus szindrómának, ez egy passzív mellékterméke a zsír lerakódásnak a májban és az izmokban. Több bizonyíték azt mutatja, hogy a zsír felhalmozódása a májban oki tényezőként részt vesz inzulinrezisztencia kialakulásában normál és mérsékelten túlsúlyos egyéneken.