A gastrooesophagealis reflux kis mértékben minden egészséges személyben észlelhető. Betegséget akkor okoz, ha az agresszív és defenzív tényezők egyensúlya megbomlik. A jellegzetes tünetek (pyrosis, regurgitatio, dysphagia, retrosternális fájdalom, légzési panaszok) a népesség 30-40%-ánál jelentkezhetnek különböző mértékben és kombinációban. Ezen esetek 50-80%-ánál lehet endoszkópos eltérést észlelni. Azonban még a szövődményes esetek is hosszú ideig lehetnek tünetmentesek. Féléves sikertelen konzervatív kezelést követően a műtét mérlegelhető, amelynek előfeltétele a megfelelő kivizsgálás (légúti betegség irányában is). A hosszan tartó gyógyszeres kezelés azonban egyéb panaszokat is okozhat. Egyik ilyen tényező a hagyományos bélflóra megváltozása. Vizsgálatok szerint a tartós protonpumpagátló-kezelés hatására négyszer annyi vékonybél dysbacteriosis jelenik meg, mint az átlag populációban. Fontosnak tartjuk tehát, hogy GERD kezelés alatti újabb panaszok esetén a bél baktériumflórájának megváltozására is gondoljunk.