Egyre több bizonyíték támogatja azt a megállapítást, miszerint a cirkadián ritmicitás a hangulat szabályozásának fontos eleme és a hangulatzavarok kialakulásának mozgatórugója is egyben. A pozitív és a negatív hangulati összetevők, valamint az éberség diurnális ritmusai a cirkadián fázistól és a homeosztatikus alvásszabályozástól, illetve a kettő harmonikus interakciójától függenek. A depresszióban leírt és a hangulatot magyarázó kronopatológiai eltérések egyaránt lehetnek fázis előretolódás és fázis-késés eredői, ugyanakkor egyöntetűen a cirkadián ritmus fázisa és az alvás-ébrenlét ciklus időzítése közötti eltolódással, rendellenes fázisszöggel jellemezhetőek. A rendellenes fázisszög kialakulása kronotipológiai és egyéb alkati tényezők kedvezőtlen környezeti hatásokkal (zeitgeberek inadekvát jellege) való interakciójából eredeztethető, ugyanakkor felborítja a hangulat szabályozásának diurnális komponensei közötti harmóniát, ezáltal szélsőséges hangulati állapotok kialakulását implikálva. A depresszió és más affektív kórképek kronoterápiájának célja a cirkadián reszinkronizáció, vagyis a megbomlott egyensúly helyreállítása, ami gyógyszeres, életmódbeli és sajátos kronoterápiás beavatkozások révén érhető el.