Hatékony népegészségügyi program nem képzelhető el megfelelő szervezeti keret nélkül. A Nemzeti Népegészségügyi Program (NNP) megvalósításának szervezeti kerete 2003 óta többször változott. 2003-2005-ben bár három különböző, de átgondolt, tervezett szervezeti kerete volt a Programnak, azonban e szervezeti keretek egyike sem volt optimális. A specifikus hiányosságok mellett közös problémája volt mindegyiknek, hogy nem biztosított lehetőséget a Program hatékony operatív menedzsmentjére. 2006 óta a Nemzeti Népegészségügyi Program kikerült az egészségpolitikai prioritások köréből, így nem is volt igény a megvalósítását biztosító szervezeti keretre. Amennyiben az NNP megvalósítása ismét napirendre kerül, akkor a múlt hibáiból tanulva, megfelelő szervezeti keretet kell létrehozni, amely alkalmas arra, hogy a megvalósításhoz szükséges sokrétű feladatot egymással összehangoltan, megfelelő ütemben és az erőforrások hatékony felhasználásával lehessen végrehajtani. Megtervezése során figyelembe kell venni az elvégzendő feladatok jellegét, a feladatok végrehajtását végző szereplőket és e szereplők viszonyrendszerét. Biztosítani kell, hogy a szereplők feladat és hatásköre világos legyen, ne legyenek átfedések, és mindegyikük rendelkezzen a megfelelő erőforrásokkal (felkészültség, jogszabályi háttér, humán és anyagi erőforrások) az allokált feladatok végrehajtásához. Olyan szervezeti keretre van szükség, amely illeszkedik a hazai közigazgatás rendszerébe, de a közigazgatási feladatok mellett képes hatékonyan projekteket menedzselni.