A minőségbiztosítási rendszerekben való részvétel célja, hogy a laboratórium eleget tegyen az előírásoknak. A klinikai mikrobiológiai laboratórium célja, hogy leletei hűen tükrözzék a valóságot, azaz eredményei alapján a zajló fertőzés kórokozója azonosítható és az ellene indítandó terápia megalapozható legyen. Mindehhez ki kell alakítani a mintavétel szabályait ismertető helyi protokollokat, biztosítani az anyagfeldolgozás megválasztásához és az eredmény értékeléséhez elengedhetetlen információk közlését, a megfelelő minőségű eszközök, táptalajok és diagnosztikumok hozzáférhetőségét, a laboratóriumi személyzet képzettségét, az alkalmazott módszerek ellenőrzését, az eredmények értékelését, a jelentések rendszerét, és mindezekről helyi útmutatókat kell az érintettek rendelkezésére bocsátani.