A szisztémás sclerosisra kötőszövet lerakódás jellemző a bőrben és a belső szervekben. Kialakulásában a megváltozott fibroblast funkció mellett vasculopathia és neuropathia játszik szerepet rendszerint a fibrosist megelőzve. Mindezek a tényezők közösen hozzák létre a gyomor-bélrendszer károsodását, amelyre elsősorban a megváltozott motilitás és a felszívódás zavara áll. Leggyakrabban a nyelőcső reflux betegségét, a vékonybél bakteriális kontaminációját, hasmenést, obstipatiot és széklet incontinentiát látni. A gyomor-bélrendszeri megjelenések kezelése nehézkes, mivel hatékony, jól tolerálható motilitást befolyásoló szer nem áll rendelkezésre. A refluxbetegség protonpumpa gátlók adásával, a bakteriális túlnövés szindróma antibiotikummal, a malabsorptio étrendi módosításokkal és hasnyálmirigy enzimpótlással, a hasmenés és székrekedés tüneti szerekkel, a széklettartási zavar biofeedback kezeléssel javítható.